Začiatkom 16. storočia bolo do ľavej steny presbytéria vbudovaný ranorenesančný kamenný bohostánok. Krátko nato, roku 1529 začali kostol a farnosť spravovať protestantskí pastori, najskôr kremnickí, avšak od roku 1566 mala farnosť vlastného pastora. Protestantská správa trvala až do roku 1673. Počas tohto obdobia bola koncom 16. storočia pristavaná veža. Nápis "1588" na kamennej tabuli (80 x 65 cm) nad vchodom do veže, by mohol byť rokom postavenia veže. Zvláštnosťou kostola je dvojpodlažný chór, ktorý mal zvýšiť kapacitu kostola nakoľko slúžil aj okolitým obciam.

Roku 1674 sa začalo obdobie rekatolizácie. Pre túto úlohu boli do Kremnice povolaní františkáni z Hlohovca, ktorí chodili aj do svätojánskeho kostola až do roku 1698, odkedy tu pôsobili diecézni farári. Roku 1714 bol vybudovaný hlavný oltár v rokokovom slohu. Oltárny obraz (olejomaľba, 250 x 135 cm) predstavuje stretnutie mladého Ježiša s mladým Jánom Krstiteľom. Scéna nemá biblický podklad.

Od 11. do 17. júla 1755 tu konal kanonickú vizitáciu prepošt bratislavského Dómu sv. Martina gróf Jozef Battyáni. 27. júla 1764 navštívil svätojánsky kostol kráľ a neskorší cisár Jozef II. so svojim bratom Leopoldom, keď sa vracali z Trnovníka (Dornstein) do Kremnice, kde boli na oficiálnej návšteve. 5. mája 1778 vykonal vizitáciu prvý biskup novozriadenej (od 1776) banskobystrickej diecézy Franz von Berchthold.

Kostol je obklopený cintorínom. Do konca 18. storočia to bol jediný cintorín vo farnosti a preto sem pochovávali mŕtvych zo všetkých obcí, dokiaľ si tieto nezriadili vlastné cintoríny. Cintorín je uzavretý kamenným múrom a vedú doň dve brány. Južnou vchádzali obyvatelia Kremnických Baní a Krahúl, severnou obyvatelia Horného a Dolného Turčeka.

Na severnej strane cintorína stála kostnica a súčasťou komplexu bola aj fara v neskorománskom slohu. Oproti južnej bráne (dnešná hlavná) stál drevený sedliacky dom. Už roku 1582 v ňom bola škola a to až do roku 1860, kedy bola škola zriadená v obci. Potom tam býval hrobár so svojou rodinou. Ten sa staral aj o kostol a keďže dom stál na samote, nazývali ho Einsiedler (samotár).

Za krížom pri dvoch lipách bol (dnes symbolicky obnovený) prameň nazývaný Johannesbrunnen. Až do druhej polovice 19. storočia stála nad prameňom kaplnka s oltárom. V súčasnosti je kostol sv. Jána Krstiteľa v správe Rádu bratov kapucínov, ktorých kláštor stojí v jeho blízkosti.

Rozmery kostola

Podľa kanonickej vizitácie z roku 1778:
kostol (dĺžka 18 m, šírka 9,7 m, výška 8 m)
sanktuárium (šírka 7,36 m)

Podľa Schematizmu banskobystrickej diecézy z roku 1876:
kostol (dĺžka 23,12 m, šírka 10,2 m, výška 9,52 m)
veža (výška 32,64 m, šírka 4,8 m)

kapucini.sk